Enviado por Hernán Cortez con 120 jinetes, 300 soldados a pie y varios cientos de Cholula y Tlascala Auxiliares, Pedro de Alvarado fue enviado a la conquista de Guatemala de1523 a 1527. El partió de Tenochtitlán con 120 unidades de caballería, 160 arqueros y hombres con rifle, 4 piezas de artillería pesada, 300 hombres de infantería y 20,000 Cholulas, Tlaxcaltecos y Mexicas. El entro a Guatemala por las tierras bajas y pacificas de Soconusco y después se dirigió hacia Xetulul Humbatz, Zapotitlán.
Varios hermanos Alvarado se unieron a Cortés en el puerto de la Trinidad, cuando iniciaba su viaje, entre ellos Jorge, Gonzalo y Gómez, y Juan el viejo bastardo, Pedro fue el primer capitán de Hernán Cortés durante la conquista de México.
Participó en la batalla sostenida contra los tlaxcaltecas dirigidos principalmente por Xicohténcatl. Una vez que los conquistadores españoles vencieron y pactaron una nueva alianza con los tlaxcaltecas, en muestra de paz les regalaron mujeres a los principales capitanes. Una de ellas fue la propia hija de "Xicohténcatl el viejo" a quién se le bautizó como doña Luisa y era destinada para Hernán Cortés, quién la cedió a Pedro de Alvarado. Siendo aún soltero, Pedro de Alvarado tuvo un hijo con doña Luisa a quién bautizó con su propio nombre y una hija a la cuál bautizó con el nombre de Leonor. Leonor se casó con Francisco de la Cueva primo del duque de Alburquerque.
